行政院は2009年11月16日に専利法修正条文草案を初歩完成し、この二年間に国際的争議があった専利権強制授権制度について、今回の修正でその制度を更に完璧にして、将来他の国家の規定に照らし合わせ、単なる話し合いで協議できないことを強制授権の理由としてはならないとし、また、更に一歩進んで、公益を増やす、非営利使用等と合わせる必要があるとした。新法で、行政院は三種の態様を強制授権の前提として定め、国際的な規定に完全に一致させた。
また、行政院が召集する専利法修正案政務審査会で、動植物に対しても専利保護を全面開放することが決定し、こうした台湾のバイオテクノロジー産業の発展を助けていく。同時に台湾は蘭花の遺伝子改造においても、相当な成果を上げており、専利保護は研究開発員にとって更に研究を進める推進要素となる。
医薬品の専利は、出願日から20年保護されるが、出願した専利が販売許可証を取得していない場合、専利を実施できなかったが、今回の改正は、専利権利人は、第一次許可証により専利を5年以上延期する申請ができると規定している。ただし、申請は一度に限る。また、延長可能な期間は、主務機関から許可書を取得する所要期間を超えてはならず、許可証を取得する期間が5年を超えるものは、延長期間もやはり５年に留まるとし、医薬品の専利の期限は、最長で25年延長して消滅する。
専利強制授権については、2007年経済部がＣＤ－Ｒの専利権の強制授権に同意し、ヨーロッパ連盟がＷＴＯ貿易争議規制を発動する危機が起こり、これによって、今回の法改正は特別に三つの態様を前提条件に強制授権を許可すること改正した。
専利強制授権の前提となる三つの態様とは、
1. 国際慣例に照らし合わせ、技術に対する授権金額をいくらにするか協議しても成り立たない等、単純な原因を強制授権する理由にしてはならず、また、公益等非営利使用と結びつけてその他の理由が必須である。
2. 公平会が、不公平である、または競争を制限する処分を下した場合、その処分を確定する必要がない、或いは主務機関が強制授権使用によって、不公平な情況を救済する必要があると認めるとき。
3. 国家に例えば、Ｈ１Ｎ１、鳥インフルエンザ等の緊急危険事態が発生した場合。
権利侵害の損害賠償について、国内での損害賠償は比較的容易に計算できるが、国外の場合、証拠を挙げるのが困難である事から、授権の合法性さえ証明できれば、将来授権金額を損害賠償金額とすることができる。また、民法体系の規定と一致させるために、草案は故意に権利侵害行為の三倍の罰金との規定を削除したが、外資系企業はこれによる保護の低下を恐れている。
専利の年費(年金)は、目下のところ3年に一度の支払いであるが、専利権利人は、うっかり年費を納付するのを忘れて権利を失うことが度々ある。今回の改正では、専利年費が支払期限に達してから半年内に二倍の年費を払えば、専利権を回復することができるだけでなく、半年後から更に一年内に、三倍の年金を支払うことで専利権回復も可能であるとの緩和規定を追加し、専利権利人の権益を保障している。