知的財産裁判所は、２００８年７月からの４ヶ月の運営で、合計４００余りの案件を受け取った。現在のところ、立法委員の予算審査では、知的財産裁判所が一年に予定の３０００件を受け取るという目標には達しないのでは、との質問に、。知的財産裁判所の裁判長高秀真氏は、｢目下、知的財産裁判所の４００件余りの案件数は、既にドイツの特許裁判所の六倍であり、案件は、『背負いきれない重さ』まできている。よって、２００９年度には知的財産裁判所は裁判官数を増やす計画に予算を増加し、司法院人事処の支持を仰ぐ。その前に、｢心証の公開｣制度により、案件の和解率を上昇させ、裁判官の負担を減らすよう希望する。｣と強調した。
知的財産裁判所が経済的ではないとの立法委員の質問に対して、司法院行政訴訟および懲戒廳裁判官の李維心氏は、｢知的財産裁判所は、２００８年に運営を開始したところで、新体制の過渡規定によると、運営前の案件は原裁判所で続けて審理しているので、依然として、たくさんの案件が一般裁判所で審査されている。また、知的財産案件は専属管轄がなく、当事者が管轄裁判所を選択することができ、必ずしも知的財産裁判所で起訴する必要はない。とにかく、将来的には、知的財産裁判所の案件数は、増加していくだろうと予想できる。｣と解釈する。
知的財産裁判所のスポークスマンは、｢案件は、きちんと処理する必要があり、速く処理すれば良いのではない。また、知的財産裁判所の案件数は、確実に成長しており、７月が９８件、８月が１１８件、９月が１２５件、１０月は１４５件で、合計４８６件だった。統計によると、知的財産裁判所の９人の裁判官は、裁判長、廷長は行政業務を兼ねていることで割り引けば、6.25人の裁判官しかいないことになり、一人平均77.7案件を背負っていることになり、負担は大きい。１０月末までに、知的財産裁判所には民事一審３４件、民事二審５７件、刑事訴訟１２９件及び行政訴訟１６６件が提起された。知的財産案件審査においては難解な専業技術争議に関わるので、裁判官の負担は一般の裁判官より更に重く、現在の案件は既に知的財産裁判官が処理し終わらないほど多いと感じていて、来年は裁判官数を増加する必要がある。｣と説明した。
弁護士たちは、知的財産裁判所の裁判官が積極的に審理にあたり、難解な技術争議に立ち向かっていて、案件の審理進度も適切に把握できているのは、案件を担当する弁護士にとっては、大きなプレッシャーだと認めている。
案件の類型によって見ると、刑事案件が予期したよりも多く、偽薬等の製造、販売による犯罪を含み、これら案件が商標、著作権等の模倣などの犯罪に関わり、こうした牽連案件は重罪により処断するので、最後は薬事法、組織犯罪法等法律判刑を用いることから、知的財産の犯罪には見えないが、これらの案件も、新制度が発足してから、全て知的財産裁判所で審理することになり、刑事案件が予期したより多い事態を招いている。
行政訴訟については案件数は正常で、知的財産裁判所の行政訴訟の審査は比較的速く、一般の行政裁判所には、案件の関連行政機関が多く、調査過程も冗長で、審査に少なくとも２ヶ月かかるのとは異なる。知的財産裁判所は、案件と関連する機関が、知的財産局および公平会しかなく、うまく協力すれば、審査は、約数週間で終了できる。
案件数が多く一向に減らない情況の下、知的財産裁判所のスポークスマンは、｢国外の裁判官は、心証制度公開の執行が良好である為、時には被告が自分に理由がないと理解し、権利者と何とか和解することで、原告、被告両方の利益を最善に守ることができるため、和解率がとても高いので、アメリカ、ドイツの裁判官は、平均にして一年に一件の判決書も書かないほどだ。日本の和解率も、５０～７０％に達する。しかし、今のところ国内で、この方面ではまだまだ努力が必要である。｣と嘆いた。