EPC 2000將自2007年12月13日起實施
歐洲專利局將於2007年12月13日起正式實施「EPC 2000」新制，新制內容於2000年即已通過，雖然花了7年才生效實施，但仍稱其為「EPC 2000」。通過此一新制主要目的如下：
1. 使EPC制度更進一步與TRIPs及專利法條約（Patent Law Treaty）接軌；
2. 小幅修改遣詞用字使法律規定更符合實務狀況；
3. 刪除不必要的相關規定；
4. 未來修改EPC主要法律時，各會員國經由外交會議就能較容易修改其他相關法律。
茲摘要EPC 2000最重要的10項修正內容如下：
1. 提出限制申請專利範圍之程序：
現行EPC規定若在專利核准後才被發現有其他先前技術（Prior art），該件專利可能會被裁定為無效，解決方法是依據各個欲取得保護的國家之內國專利法規定逐一修正專利說明書，然而不僅費用昂貴，且申請人可能面臨有些國家拒絕修正的風險，修正結果也可能導致各國專利保護範圍不一致。
在EPC 2000施行後，專利權人得直接向歐洲專利局申請限制所有指定國的申請專利範圍，且不需向歐洲專利局檢附該在先權利的相關資料，也不需說明任何理由，即使是可歸責於專利權人的原因，歐洲專利局也不得拒絕受理。
需注意的是：專利權人提出限制申請專利範圍，必須針對實質內容提出修正，而非只修正文字；歐洲專利局對於此種限制申請專利範圍的修正，只審查是否增加了原申請專利範圍以外的內容，避免未經審查直接擴大了專利核准的範圍，但不針對新穎性或進步性加以審查。此外，專利權人在專利有效期間內得隨時向歐洲專利局請求限制申請專利範圍，因此現行法規定專利核准公告後9個月內任何人得向歐洲專利局提出異議的期間即有必要對應而做修正；若已經有第三人對該專利提出異議，則提出限制申請專利範圍之程序就要被終止。
如果限制申請專利範圍的申請被核准，歐洲專利局將要求專利權人就修正後的申請專利範圍另行提出二種官方語言的翻譯本（例如，以英文提申者，需另外提出德文及法文的翻譯）並繳納領證費。專利權人也可以依據各指定締約國之內國專利法，就修正後的申請專利範圍重新提出翻譯本，以取得非使用其官方語言提出之歐洲專利締約國之保護。目前有10個歐洲國家已經簽署倫敦協定（The London Agreement），將來可以不必將專利說明書全文翻譯而得到簽署國的保護，將可減省大量翻譯費用。
2. 新穎性：
現行EPC規定一發明若未構成既有技術（the state of the art）的一部份，則視為新穎，也就是說包含在申請日或優先權日之前提出申請，但直到該日之後仍未公開的EPC案的內容，也屬於既有技術；而這僅適用在一較晚的申請案與一被公開的先前申請案的指定締約國相同的案件的情形。
EPC 2000則修改為一發明的優先權日之前已存在的技術，但是在該發明主張的優先權日當天或優先權日之後才公開，則對於該發明所指定的EPC締約國而言，仍具有新穎性。
在現行規定下，一個EPC案申請人可以分別主張數個優先權，而主張優先權的期限自最早的優先權日起算，只有已繳納指定費用後（每指定一個締約國要繳納一筆指定費），才可主張優先權日。在這種規則下，優先權日其實只有考慮到新穎性而不包括進步性的問題，因為只要一個發明未構成既有技術的一部份，就有新穎性，但是在對既有技術瞭解下，屬於不顯而易見的，則被視為具有進步性；也就是EPC 2000只針對一發明在優先權日是否已經公開技術來認定是否具有新穎性，但不直接影響進步性的認定。
至於用於特殊治療的物質及組成物，EPC對其新穎性則規定：即便一個已知的物質（substances）或組成物（compositions），也可以就其首次的醫療用途，再藉由以「作為一藥劑的組成物X」的請求項型式申請專利，例如原先知道可用來治療眼睛疾病的組成物X，其後首次被發現也可以被用來治療骨癌，則組成物X對於治療骨癌具有新穎性。
前述製法與活性成分已習知，但發現新穎醫療用途（new medical use）者，稱為「瑞士型請求項」（Swiss claim）；EPC 2000只准許已知的物質或組成物就其首次醫療用途具有新穎性，但不包括已知的醫療裝置（devices）或手術方法（surgical methods）。所以藉由手術或治療對人體或動物的處理方法，及實施在人體或動物上的診斷方法，因為不具有產業利用性，所以仍然不得申請EPC專利。
3. 對PCT前案及不具發明單一性（unity）前案的檢索：
EPO案必須具有發明單一性，也就是必須一組發明在技術上相互關聯而屬於一個廣義發明概念者，才能寫在同一案中提申，否則應該要分案。而在同一個廣義發明概念下，可允許在相同類別中有多個獨立請求項，比較常見的則是不同類別中有多個獨立請求項；每個獨立請求項之後則可再有一或多項增加技術特徵的附屬請求項。
然而，已經依PCT申請專利的案件再申請EPC，可能被認定不具單一性（unity）；依據現行法，若歐洲專利局認為已依PCT提申的專利案與EPC案不具單一性，將僅對EPC申請案中涉及請求項首次提到的發明部分製作歐洲檢索報告，並通知申請人，若檢索報告要涵蓋其他發明，必須在指定期限內另外繳納其中每一項發明之檢索費，也就是准許申請人再付費檢索其他前案；但EPC 2000實施後，歐洲專利局將不再給予申請人機會再次付費檢索。申請人為了確保後來提申的EPC案的申請專利標的，即使增加費用，也只好在母案被核准前提分割申請案。
4. 提供先前技術（Prior Art）相關資訊：
EPC 2000規定歐洲專利局有權要求申請人提供前案的先前技術相關資訊，若申請人未於期限內提出，EPC案將被視為撤回。提出資料期間則由審查委員權宜決定是否延展。
5. 優先權：
現行法規定申請人或該專利所有人已經在巴黎公約締約國提出專利申請，或註冊實用新型（utility model）、實用認證（utility certificate）、發明人證書（inventor’s certificate），申請EPC案可在首次申請後12個月內，就相同發明主張優先權。台灣因為未加入巴黎公約，所以無法主張優先權。EPC 2000施行後，只要加入WTO的國家，包括台灣，申請EPC案都可以向歐洲專利局主張優先權。
其次，對於提出優先權證明文件的期限，現行法規定申請人必須在最早優先權日的16個月內提供該申請案案號及該優先權文件，若未符合要件將會被通知補件，補件仍未完成，則會喪失優先權，而在提出該EPC申請案的3個月內，且不超過所主張的最早優先權日13個月內，申請人必須提出使用歐洲專利局所指定的三種官方語言中的一種翻譯文，並以該語言為申請程序的語言，如果未能在期限內提出翻譯文，申請人可以提出聲明書宣告該案確為先前申請案的一份完整翻譯。
EPC 2000施行後，只有在歐洲專利局為了審核可專利性要件，而要求申請人提出優先權證明文件的翻譯時，才需提出。至於遲誤優先權日（未於首次申請後12個月內就相同發明主張優先權）的EPC案，申請人也有機會在被遲誤的優先權日起2個月內，提證據證明已窮盡一切努力卻仍遲誤，而主張回復優先權，這種例外特殊情況申請人必須負極高的舉證責任，被歐洲專利局駁回機率也很高。
6. 可專利性要件：
EPC 2000修改文字，將授予歐洲專利的對象改為「在所有科技領域的任何發明…」（any inventions, in all fields of technology），然而這並非代表商業方法（business method）即可容易獲准EPC專利，只是把歐洲專利局的case law編纂成成文法時，說明專利必須具備科技的特徵而已。
7. EPC專利權保護程度：
EPC是經過審查後授予專利，審查目的在確定EPC案及相關發明符合EPC的可專利要件，所以這些要件不僅構成授予EPC專利的基礎，也是各國法院評斷其專利有效性的基礎；也就是說，在EPC下，歐洲專利所獲得的保護程度在所有締約國均為一致。為了使專利保護範圍明確，EPC案申請專利範圍必須以明確且充分的界定所欲保護的技術特徵。EPC 2000雖然修改了一些文字要求申請專利範圍必須明確且充分地被界定，但實際上歐洲各國法院早已開始執行各種方法達此目的，所以這些文字的修正對實務作法沒有太大影響。
8. 取得申請日：
現行法規定申請人必須完備申請專利範圍、說明書、圖式，才能取得申請日；EPC 2000則規定申請人只要就同案提出先前的他國專利申請案之申請案號、申請日、向何國專利局提申，並向歐洲專利局說明本EPC案與前案的申請專利範圍、說明書、圖式均相同即可取得申請日，但必須在EPC案申請日後2個月內提出前案的公證本；若未在2個月內提出，歐洲專利局將給予2個月期限通知補正。
此外，歐洲專利申請案可能以各種語言提申，若非以三種歐洲專利局規定的官方語言之一提申，申請人也只要在申請日起2個月內提出任一種經公證的官方語言翻譯本即可，若未在2個月內提出，歐洲專利局也會給予2個月期限通知補正。
9. 擴大上訴委員會的上訴程序：
現行法規定上訴委員會的上訴程序只有一個審級，也就是向擴大上訴委員會提起上訴。審查部門（Examining Division）、異議部門（Opposition Division）的上訴均由擴大上訴委員會做出最終決定。在現制下，如果案件處理時產生的問題，若上訴委員會認為某一項決定需考慮法律適用的一致性，或者有必要確認一個法律上的重要觀點，就可將這個法律問題（不包括事實問題）提呈給擴大上訴委員會。如果二個上訴委員會對一個議題做出不同的裁決，歐洲專利局局長也可以將這個議題提呈給擴大上訴委員會。
EPC 2000施行後，歐洲專利局人員僅限於特殊情況，即上訴委員會「程序違法」（procedural irregularity）時，有權向擴大上訴委員會提起上訴。
10. 過渡條款：
EPC 2000施行後提申的案件適用新法，但在EPC 2000正式施行前已提申尚未決定或尚未核准的專利案，只有在以下的情形，才可以適用新法，例如：以相同物質或組合物的第二種醫療用途申請專利、歐洲專利局部門向擴大上訴委員會提呈的上訴已做出決定但EPC 2000施行後才執行；至於變更新穎性認定的法律（參看2.的相關說明）則僅適用於EPC 2000施行後提申的專利案。
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